经历了本部攻防战事件后，NERV日本本部损毁严重，原总司令碇源堂、技术开发部负责人赤木律子被认定KIA。
NERV日本本部解散，【NERV JAN】成立。
葛城美里接过指挥权担任司令代理，并在三年后正式晋升为总司令。
伊吹摩耶担任技术开发部技术局一课负责人。
除第一适格者绫波丽以外，又有三名绫波丽克隆体被投入使用，担任以量产机残骸改装而成的零号机试制II式改的驾驶员。
以及，名为‘星壳’加尔卡的牙买加男性加入NERV JAN成为编外战力·终极泛用人型决战兵器‘巨神殖装’（GIGANTIC XD）驾驶员。
三年间，星壳与主角方关系日益融洽，成为同生共死的战友和挚友。被星壳所救的二号机驾驶员明日香更是倾心于星壳。
在经历了一系列事件后，初号机逐渐觉醒进化，一步一步成为最终号机。
但具体如何取代原驾驶员碇真嗣得到EVA最终号机的所有权这件事，星壳没有对任何人讲起。
他只是说自己运用惊世智慧和无上勇气打动了主角方，最终拿到了这件神级命具。
但巫毒在接触星壳不久后就知道，仅凭星壳自己绝对做不到降服神级命具。
脑子不好使、概念力也不够强，甚至连人格镜面开发都不完整，这样的星壳怎么有资格降服命具尤其是神级命具？
他必然请了外援。
是瑞克？还是其他支柱？亦或是……
就在巫毒思绪飞转时，她身旁浮现出一朵旋转的火花，星壳声音从中传出：
“巫毒，如果你不想死，就给我拼尽全力战斗吧。
我要在这个冠位战争世界将海瑟和末劫龙全部解决掉！
而你，只要你全力协助我，我和瑞克就不会再计较你之前的小心思，还会帮你修复命具。”
听到这里，巫毒知道自己没有其他选择。
逃跑的话不但命具会直接损毁，她自己还极有可能被螺旋除名甚至追杀。
一想到会被那些恐怖的家伙不死不休地追击，本该掌管‘恐惧’的巫毒顿时陷入恐惧之中。
“请下令吧，Mr.星壳。我也是螺旋的一员，肯定会竭尽全力协助你。”
听到巫毒的表忠心，位于冲击中心的那尊巨神面部装甲微微扭曲，似乎露出微妙笑容。
既然已经用出了EVA最终号
…。。