长崎的教民和非教民之间的矛盾已经很深了，正常来说随着传教士们的继续传教，那些非教民最后也会慢慢皈依，或者那些被排挤的非教民会离开长崎，这个矛盾也就慢慢解决了。
但是丰臣秀吉来了。
丰臣秀吉了围住了长崎，虽然长崎靠海有港口，丰臣秀吉无法切断长崎的补给。
但是民众只能撤进到了城中，而拥挤的城市也开始激化矛盾。
原本城市之中，教民的数量是大于非教民的，但是随着乡村的人撤退到城市中，非教民的人数开始大于教民。
而为了守卫长崎，大村纯忠又出台了一系列的守城政策，又提高了对非教民的税赋。
在这种情况，整个长崎城内的矛盾被彻底点燃了。
导火索是一户教民和非教民因为房屋开始争吵，双方为了争夺房屋之间的土地，教民在两户人家之间的土地上搭建了窝棚，用来出租给那些挤进了城市内的百姓。
而另一户非教民市民对于侵占他家土地的行为非常愤怒，于是将邻居告上了官府。
这个案件又被发回了地区教堂，地区教堂的牧师来看过了之后，立刻将这片土地判给了教民。
这名牧师还称赞侵占土地的教民，搭建窝棚是为了帮助其他人，是值得赞许的行为。
有了这个判决撑腰，那些教民都开始疯狂侵占非教民的土地。
争产本来就是非常严重的矛盾，教区牧师的这样处理方式更是增加了矛盾。
在这种情况下，失去土地的非教民家的冲动长子冲入了教民家中，将他们家人全部都揍了一顿。
这户教民又将揍人的凶手告上了官府，教区牧师看到这个案子之后，立刻判处了揍人的非教民死刑。
这下子算是彻底点燃了仇恨的火种，儿子被判了死刑，自家土地又被邻居占了，这户人家最后选择一把火将邻居家全部烧死。
而由于如今长崎非常的拥挤，大量违法搭建的窝棚和房屋将住宅都连接在一起，所以这把火迅速蔓延开，开始烧向了整个街区。
随着这把火一起点燃的，就是长崎城内教民和普通百姓之间的长期矛盾。
皈依后的歧视政策，地区主教和牧师的不公平对待，经济上的重负，看到着火之后，非教民们立刻冲进了教民家中抢劫。
紧接着，这些非教民冲进了教堂，开始抢夺教堂中的财宝，他们赫然发现，平日里道貌岸然的传教士们，竟然在教堂中建设了以供淫乐的
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