这一切，都发生在一瞬间。
电光火石之间，SEELE的众人来不及惊叹，伊恩已经握住了真·朗基努斯的枪柄！
回过头，他俨然看到了与莉莉丝融为一体的，绫波丽的虚像。
绫波丽张开了双臂，浅浅地微笑着。
这是伊恩第一次看到她的笑容，她笑的那么恬静，
原本作为莉莉丝的灵魂，绫波丽并不理解人类的感情，但她所经历的细小温柔的一切，终究还是让一颗小小的种子在她心中萌芽了。
这种时候，微笑就可以了。
她记得碇真嗣的那句话，所以，她对着初号机内的真嗣微笑了。
她的胸怀当中，生长着亚当的胚胎。
朗基努斯之枪被战锤巨人投掷而出，射中了莉莉丝的心口。
于是，仪式停下，莉莉丝的身体迅速溶解，生命之水从中爆发。
莉莉丝朝着原来的大小变回去，初号机身后的光翼也黯淡下来，它和战锤巨人一同朝着地面自由落体。
全世界的人，都在关注着这里。
卫星拍摄到了图像，和第二次冲击几乎一模一样的光翼，以及那个在月球轨道上都能观测到的超级巨型的白色生物，终于塌陷下去了。
“赢了！”加持良治握紧拳头。
不可一世的SEELE，这个自人类诞生时期，就在幕后操纵人类历史的秘密结社，他们千算万算，终究还是棋差一着。
人类补完计划失败了，其代价就是，他们再也没办法隐藏在幕后，SEELE彻底暴露在了世界的眼光下，他们的所作所为，他们曾经引发第二次冲击，让十几亿的人类死亡的痛楚，想要引发第三次冲击毁灭世界的自傲，将会反噬到他们身上。
“该死的异端！”
SEELE的众人，恼羞成怒。
“不行，必须把那个家伙抹杀在这里！”
“没错，只要他死了，只要他死了，我们终有一天可以再迎来福音，哪怕再过百年，再过千年，哪怕我们看不到也可以！”
“神圣的领域消失了，现在正是好时候，立刻向第三新东京市投放N2炸弹！”
“要让他和第三东京市一起消失！”
他们在日本还有一批死忠派，一批敢死队。
自战队和政府，虽然察觉到了第三次冲击的内幕，不断在本国境内清除SEELE的爪牙和势力，但是SEELE无孔不入，早已如雨水般渗
…。。