七月，夏粮开始入库，收到各州郡报来的丰收喜讯，让刘裕紧蹙的眉头稍展。
科举风波看似平息，涌动的暗流却让刘裕忧心不已，门阀士族对其最近所为深感不满，意图有所行动。
率军伐雍，战事初期攻城略地，刘裕的声望如日中天，门阀士族默视其谋求九锡之赐；不久之后战事胶着，而张裕海师大败之后，门阀士族发现雍公实力恐怕尤在宋公之上，还是别急着站边为好。
休战之后，刘裕回到京中，处置了一批门阀士家出身的官员，丝毫不给情面，这让不少世家怀恨在心。
琅琊王嫁女宴请宾客，不少人有意逢迎，重金添妆，既讨好琅琊王又借机向雍公献媚。哪料被刘裕抓住痛脚，让军情司出面向他们募捐，言称国家有难，当同舟共济。
表面上宋公刘裕将自己的俸禄全部捐出，还捐粟米五百石，刘穆之、徐羡之以及王谢等家族纷纷慷慨解囊，逼得众人不得不跟从。
有人阳奉阴违，想随便意思一下，结果很快廷尉便寻到族中子弟的错处，请去了监牢之中，只能花钱消灾。
紧接着科举取士，为免风波刘裕宣布将择优而取改为分地域州郡取用，而且暗中命孔靖、应洪等阅卷官侧重录用寒门出身的读书人，不少世族子弟原本可以凭本事取中，却因为给寒门子让路而落榜。
刘裕此举确实将可能爆发的风波平息，却得罪了众多门阀世家。刘裕治下门阀世家数量远多于杨安玄治下，开科取士已经触动世家利益，而刘裕偏重寒门更是让世家无法接受。
正当利益都无法得到保障，可想而知将来刘裕会将世家门阀踩于脚下，新兴的门阀世族会逐渐把他们取代。
门阀又分成数派，王谢袁刘等家族(1)紧靠刘裕，为之摇旗呐喊；孔、禇、周、应、郭等门阀有族人为宋公重用，自是拥护；桓、刁、王(太原王氏)被刘裕所灭，而庾、郗、温、范、陶、羊、毛、孙等家族境况远不如前。
不求重回「王与马共天下」时的盛况，但至少不能任由刘裕将门阀世族的权柄剥夺殆尽，失势的庾、郗、温、范等家族不甘被打压，相互走动，暗中达成同盟，准备合力对抗刘裕的欺压。
军情司将门阀间的异动奏给刘裕，刘裕亦深感头痛，他虽然掌控着朝政，却也不能挥刀将反对他的世家斩杀殆尽，只能抓住把柄徐徐图之，否则引发动荡，分崩立起。
刘穆之卧病，徐羡之、赵伦之等人对朝堂的掌控不足，京中风云暗涌，刘裕不敢轻易离开，
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