要时城中便投掷火药，宋军伤亡不小，刘裕不知城中储存着多少火药，只得悻悻回转江陵。
纪南城难下，刘裕为防雍军攻打江陵，命人在纪南和江陵之间筑起三道长围，阻断雍军南下进攻的道路。
正在这时，朝廷寄来诏书，天子召宋王入京辅政，徐羡之等人暗中来信称禅位的时机已到，请刘裕早日进京。
六月八日，刘裕回返建康，徐羡之率文武诸臣到朱雀门外迎接。刘裕乘金根车，用天子旌旗，引导礼仪一如天子，在鼓乐声中回返宋王府。
到府中，刘裕换上十二旒冠冕，朱丝为缨，着「衮服」，绛色纱袍，绘绣的十二种纹饰，接受群臣朝贺。
六月十日，天子司马德文升坐太极殿，与宋王刘裕商议禅让之事。
司马德文道：「桓玄之时，天命已改，重为刘公所延，将二十载。今日禅让，本所甘心。」
刘裕辞让，回返王府。
半个时辰后，侍中傅亮捧天子亲笔所书的禅位诏书至，「夫天造草昧，树之司牧……予其逊位别宫，归禅于宋，一依唐虞、汉魏故事。」
诏书抄于红纸之上，刘裕看着诏书喜形于色，思绪飘飞，想
起往事，当年砍柴种地，还被刁逵绑在树上鞭打，几曾料到自己有一天会登基为帝。
六月十一日，司马德文出宫，回返琅琊王府，文武百官叩拜辞别。多数人想着前去新皇那里献媚讨好，唯有秘书监徐广痛哭流涕，悲痛万分。徐广，故中书侍郎徐邈之弟，徐浩之叔也。
谢晦见徐广扫兴，很不高兴地道：「徐公，宋王代晋而立，你如此伤悲，可是有点过分了。」
徐广凄然道：「你是宋国佐命功臣，老夫是晋朝遗老，悲欢之事，固不相同。」
谢晦被徐广说得哑口无言，心中暗恨不已。
六月十四日，于南郊设坛，祭告天地。礼毕，刘裕乘法驾前往建康宫，至太极殿升座，接受文武百官朝拜，正式登基为帝，国号为宋，改元熙二年为永初元年。
封晋帝司马德文为零陵王，经一郡之赋，依二王三恪之礼，可用天子旌旗，乘五时副车，行晋正朔，天地礼乐制度皆用晋典。上书不称表，天子答复不称诏等等。
接着刘裕追封其父为孝穆皇帝，生母为穆皇后，尊继母萧文寿为皇太后，立刘义符为太子，皇后则授给亡妻臧爱亲。
除太子刘义符外，加封次子刘义真为庐陵王，三子刘义陵为宜都王，四子刘义康为彭城王，五子刘义恭
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