币，丝毫没有提及方从哲、韩火广二人。这份遗诏一下，满朝文武顿时群情鼎沸，朝臣们都知道这份遗诏是出自首辅方从哲之手，无形中更是把方从哲与红丸案紧密联系在了一起。
就这样，时间在满朝文武的喧嚣之中流逝着，转眼到了十月中旬，追查"红丸案"的呼声达到最高潮，礼部尚书孙慎行和左都御史邹元标接连上了两道令人瞩目的奏折。其中孙慎行指出:"方从哲两次带领李可灼进宫献药，其纵无弑君之心，却有弑君之罪。欲辞弑之名，难免弑之实。"这就给追查"红丸案"元凶定下了基调。
而在方从哲和众臣你来我往的争论之中，太子朱由校的登基大典如期举行，新皇年号“天启”。当年依旧是泰昌元年，次年再行改元天启元年。
在天启帝登基之后不久，方从哲便有些坐不住了，面对几乎是一边倒的局面，方从哲心中忧虑不已，思来想去之后，便写了一道很长的奏本，在奏折中方从哲一面详细的为自己进行了辩解，一面十分诚恳地提出了希望退隐的要求。
方从哲的这份奏折递上去不到十天，天启皇帝的批准谕旨就下来了。十一月初，这位执政八年的老臣，带着几名家人十分凄凉的离开了京城，而在方从哲离开京城的时候，满朝的文武官员竟是没有一个人前来送行。
虽然方从哲因“红丸案”被迫告老还乡，但是面对泰昌帝的猝逝，朝中的大臣们依旧是群情激奋。御史郑宗周、南京太常寺少卿曹珍等一大批御史言官均指出“红丸案”与多年前的"梃击案"是出于同一"奸谋"，即有人必置泰昌帝于死地；刑部主事王之采更是直指泰昌帝之死与郑氏、宠妃李氏等阴谋夺权有关。
泰昌帝继位一个月即驾崩，加之朝廷内党派纷争愈加激烈，使得关于此案的议论甚嚣尘上，并且多少带着东林党借机伐异的意味。这些议论围绕着泰昌帝的死因展开，方从哲、韩火广、李可灼、崔文升等人皆成为众矢之的。
吏部尚书张问达、户部尚书汪应蛟、礼部尚书孙慎行、左都御史邹元标，以及众多御史言官纷纷弹劾李可灼、崔文升二人用药、进药错误之罪。其中御史王安舜认为:"先帝之脉雄壮浮大，此三焦火动，面唇紫赤，满面升火，食粥烦躁。此满腹火结，宜清不宜助明矣。红铅乃妇人经水，阴中之阳，纯火之精也，而以投于虚火燥热之疹，几何不速亡逝乎!"
由于泰昌帝是服下红丸仙丹之后猝然驾崩的，而首辅方从哲却在泰昌帝死去的当天，拟遗旨奖赏了进献红丸仙丹的李可灼，更是引起了一些人
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