退。”于是，王在晋建议朝廷固守山海关，以便遏制建奴的攻势，争取时间积蓄力量。
在考察了山海关之后，王在晋建议在山海关外八里铺修重城，以加强山海关的守卫力量。但是，王在晋此议遭到了宁前兵备佥事袁崇焕、主事沈棨等人的极力反对，双方爆发了激烈的争论，甚至争论引起了天启帝和内阁首辅叶向高的关注。
最终，在天启帝的干涉下，大学士管兵部事孙承宗自请行边，亲赴山海关查勘地形情况。天启帝闻言大喜，特加孙承宗为太子太保，赐蟒玉、银币以示隆礼。孙承宗在仔细考察一番之后回到京城，面奏天启帝说道：“王在晋不足任，笔舌更自迅利，然沉雄博大之未能。"
天启帝闻言震怒不已，于是改任王在晋为南京兵部尚书。孙承宗见辽东形势危急便自请督师，天启帝当即准许，任命孙承宗为辽东经略。