太极还下令改革政制，仿明制，内设三院、六部，停王贝勒领部院事，自己独主政务，又设都察院和理藩院，建立起一套较为完备的国家机构，完全架空了原先的建奴贵族，使得金国国政完全落入了皇太极的掌控之中。
与此同时，皇太极有感于各旗大军伤亡惨重，兵力上有些捉襟见肘，已经无法应对来自汉威军的威胁了，于是为了扩大兵源，便创立了汉军八旗和蒙古八旗，汉八旗和蒙古八旗各旗分别隶属于建奴八旗相对应的各旗；同时，皇太极还不顾代善和阿济格的强烈反对，下旨在汉军八旗中建立乌真超哈火器营，开始打造火铳和火炮，以便和汉威军犀利的火器抗衡。
眼见皇太极刚一上台就颁布了这么多重大的改革措施，大有全盘修改金国国政的势头，代善心中暗道：“大汗这是要全面推翻父汗的施政路线啊！只是不知道，大汗的这些举措能不能让大金走出眼前的困境了。”
就在代善暗自想着心事的时候，皇太极又公布了一个惊人的决定：重新任命八旗旗主！由皇太极自己管辖两黄旗，同时任命代善为正红旗旗主，阿济格为镶红旗旗主，豪格为正蓝旗旗主，济尔哈朗为镶蓝旗旗主，多尔衮为正白旗旗主，多铎为镶白旗旗主。
当听到原先由自己统领的两红旗被一分为二，镶红旗被分给阿济格的时候，代善的心中充满了愤怒，一种被欺骗了的感觉瞬间就涌上了心头。于是，代善猛地抬头看向了龙椅上的皇太极，刚想开口争辩一二，却发现皇太极也在盯着自己，眼神之中满是凌厉之色。此时，代善心中猛然一惊，瞬间就反应了过来：现在自己已经是臣子了！于是，代善急忙低下了头表示顺从。
“是了！大汗将济尔哈朗、多尔衮、多铎三人拉进来充当旗主，就是要与我和阿济格分庭抗礼、彼此互相牵制。而将正蓝旗交给豪格，则是准备给自己的儿子铺路了！”
想到这里，代善心中有了一丝后悔，但是转念一想，现在的大金国也只能是皇太极这样狠决的人来领导，才会有振兴的希望，否则的话还真的会有亡国之危！
于是，代善长出了一口气，又恢复了老神在在的模样，继续聆听皇太极的旨意。
“从今以后，各旗选出精锐甲兵充当巴牙喇，作为每旗的精锐战兵和旗主的护卫……”
大殿之上，众人静静聆听着皇太极的旨意，一个念头在众人的心中冒了出来：“大汗登基之后，也许大金国真的要变天了！”
在接下来的两个月之中，皇太极开始了重整八旗军力的行动，
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