在财政改革方面，与历代执政者羞于言利截然不同，高拱的‘义利观’中，首次不避讳的提出‘聚人曰财，理财曰义’的公利观。要求各级官吏分清公利和私利，如果是为国家创造财富，则‘利即是义’，如果仅仅为了个人虚名而不为国家创造财富，即是不义。
在这种思想的指导下。高拱认为生财是圣贤有用之学。‘夫《洪范》八政，首诸食货；《禹谈》三事，终于厚生。’所以理财乃王政之要务也！
这不仅仅是对宋明理学的非功利主义的大力批判，其真正目的也是要号召各级官府，注意经济生活方面的实际学问，为隆庆朝的经济复苏和财政缓解做实际的工作。
那具体又是如何去做呢？
与历代统治者一想到生财，便是‘多取于民’不同。高拱认为若想生财，不能只靠压榨姓以聚敛钱财，而是应当‘开财之源’和‘节财之流’。
先说节流，高拱认为有‘节用’和‘储蓄’组成。所谓‘节用’，就是朝廷将每年所入算计了，才去支用。凡无益的兴作，无名的赏赐，不经的用度，都减省了。这样不仅可以减轻百姓负担，还能将这些节省下来的费用，及时用于救灾和军费。
至于‘储蓄’，更是被高拱提高到‘国之大事’的高度，那么用何种方法进行储蓄，国家每年的收入应该怎样分配才算合理呢？高拱提出‘三而有一’之法，即将每年收入均分为四，消费支出占四分之三，节余的四分之一用于储蓄。这样累计储蓄三年，就可以达到年收入的四分之三，恰好多供一年之食。顺此类推，九年便可得到供三年支出的结余，这样即使‘年不顺成’，或遭遇荒年，也能做到有备无患，可恃不恐。
那又该怎样‘开财之源’呢？高拱除了传统的兴修水利，限制兼并，还耕于民之外，还给予工商业和金融业以前所未有的定位。之前，‘重本抑末’一直是各朝各代所奉行的基本经济政策，历来为统治者所推崇。虽然自成化以来，便有不少重视商业的呼声，然而真正能站在执政地位上，将重商恤商见解，转变为全国姓的实践经济政策的，是高拱。他认为，农业关乎国计民生，给予其重视是应该的，但在另一方面，却不能忽视工商业的发展。
当然，在高拱看来，农业才是立国之本，只要人人有土地，人人勤劳作，国家才能有源源不断的财富。而其重商思想是在其重农思想之上产生的，他看到了农商之间的根本关系，也就是：商业自古以来就是互通有无的一个行业，如果农业取得了大丰收，但是却没有商人这个中
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