与《刀狩令》在历史上多次一次出现不同的是，《海贼停止令》在日本史上第一次出现。
在日本史（特别是南北朝时代以后）中的海盗，大多是领地临海的豪强。
他们如大名拥有领地，在海上拥有地盘（海上权、海上支配权），并且拥有相互的联合组织等，在一定规模的组织中活动着。
因此，就像国人众和一向众（不是一向宗）那样，从性质上来说他们与单纯的海盗是需要区分开的，他们也被称为“海贼众”。
当然他们也会像一般意义上的海盗一样，有时会袭击沿岸地区和海上航行的商船，或者接受大名和商家的委托进行船舶的警卫（警固）也是主要活动之一。
特别是室町幕府在勘合贸易时，幕府被迫承认他们的合法性，赋予他们警固海面的任务。因此海盗们也被称为“警固众”。
与此相关，他们以护卫名义收取的金钱被称为“警固费”，为了警固的委托和收费而设置在登陆港等地的设施被称为“警固关”。
室町时代后期幕府的权威衰退，权力分散后，各地的海盗们也进行了政治上的自立，不再是服从某个大名，而是作为对等的关系，或者雇佣兵行动，作为与大名等独立的组织活动。
因此，根据时势随机应变地改变支持大名的情况也经常发生。
而造成这样的一个可能因素是，由于社会货币经济、物流的改变等，贸易收入开始超过土地的粮食产出，而海贼众们的警固费收入增加。
到了战国时代后期，有力大名将海贼众臣属化作为水军的情况也变多了，宇喜多家最初控制的冈山众就是原本盐饱水军的下级海贼众。
后来随着宇喜多家的逐渐强大，势力横跨濑户内海两岸，就连盐饱水军自身都不得不臣从秀家。
就连濑户内海西侧的原本属于毛利家配下的村上水军，也因为秀家控制尹予被一分为二，领地在尹予的海贼众成为了秀家的下属。
秀吉下达的《海贼停止令》，要求全日本的水军众停止从事海贼行为跟终止征收帆别钱、警固料的权利，也对走私交易进行杜绝，将日本的对外贸易统合于朱印船贸易，及授权给特定的大名对外进行贸易。
秀吉在《海贼停止令》中的措辞非常严厉，只给了海贼们一下三种选择：
其一，对于特定的拥有极大势力的海贼头领，被要求成为丰臣政权体制的大名，如九鬼嘉隆；
其二，对于拥有一定势力的，但是并不属于号
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