“真言宗”阐明“密教”，是佛教的“终极妙义”，强调“即身成佛”的思想，即“父母所生身，速证大觉位”，认为只要成就“三密加持”（口诵“密咒”，手结“印契”，心念“佛相”） 就可“即身成佛”，获得佛法加持己身。
这也是“忍者”施展“忍术”的关键理论基础。在宗教实践上，两宗更注重“密教”。以“镇护国家”、为贵族“消灾 积福”，作为“诵经修法”的主要目的，盛修息灾、增益、延命及祈请祐护等法会，作用类似“阴阳寮”。
因此，为了区别“真言宗”和“密宗”，倭人又称国内“天台宗”的“密教”简称为“台密”。到了西元十二世纪以后，经过数百年发展之后，东传的“佛教”与日本民间信仰、生活习俗相结合，一些注重信仰、教义简单的“新宗派”相继兴起。而与此同时，“禅宗”的“临济”、“曹洞”二宗也随着宋日贸易兴盛，由宋朝传入日本。
西元1175年，日本僧人法然（西元1133年—西元1212年)据善导《观经疏》等著作，创立了日本“净土宗”。该宗以浙江天台山的“净土教义”为准，“舍弃万善诸行，只取念佛一行”作为凡夫俗子往生“净土”的“正业”、“正因”，只要信愿具足，一心称念“南无阿弥陀佛”，始终不怠，临命终时便可往生西方“极乐净土”。
自法然首创“弥陀念佛”法门以来，获得很大发展，日本佛教界形成了“净土宗”、“净土真宗”和“时宗”三大法系。“时宗”由一遍和尚(西元1239年—西元1289年)创立， 宣传“他力念佛”的教理，更注重《阿弥陀经》，注重“游行化”的传教实践，即鼓励门下弟子去做“游方僧人”，通过游历日本的亲身实践来弘扬佛法。
“临济禅” 和“曹洞宗”分别由荣西和尚（西元1141年 一 西元1215年)与道元和尚(西元1200年—西元1275年)传入日本。荣西曾于西元1168 年、西元1187年两次留学于宋朝，传承了中国“临济禅宗黄龙派”的理念，修“看活禅”，即所谓的“借助先师语录等达到觉悟”，后创立日本“圣福寺”、“建仁寺”并兼修“密宗”。
“曹洞宗”的“宗祖”即“道元和尚”则师事于宋朝“天童山”的長眉老和尚“如净法师”，回国后以日本的“永平寺”为中心传教，主张修“默照禅”，提倡“只管打坐，禅心是佛”，即主张通过“寂照静默”来“休歇身心”，以达到解脱。至“莹山绍瑾”时，对“禅风”作了改革，吸收民间
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