但是长期以来这一点未得到充分认识，以为后世乃至今日所读的先秦古籍就是原来的样子，这就难免产生这样那样的误解，得出与历史真实不符的结论。历代学者中有不少人发现了一些问题，于是产生疑、辨，因而有指伪之作。从现存的《书录》及有关记载看，有的书完全是新编定的。如《列子书录》……可见刘向完全新编了一部《列子》书。
黄爱平在《中国历史文献学》第八章《先秦至两汉：历史文献学的起源及奠基时期〈百家争鸣与诸子文献〉》中说：先秦诸子据《汉书艺文志》“诸子略”中的记载有“诸子百八十九家，四千三百二十四篇”。
而经过历史发展，尤其是秦汉以后，随着儒家学说主导地位的确立，诸子思想被视为异端，其著作也大多湮没不传。流传至今的只有 20 余种，如《孟子》《老子》《庄子》《墨子》《管子》《文子》《列子》《尹文子》《韩非子》《吕氏春秋》等。