史吴应奇、给事中杨涟等坚决认为不可以，于是改派兵科给事中朱童蒙前去。等朱童蒙回来上奏，全面陈述了熊廷弼的功绩，最后说:“我进入辽地的时候，士民对他垂泪称道，说几十万生灵都因为廷弼一人才得以保存，他的罪怎么能轻易确定呢只是廷弼最为陛下所信任，蒲河战役中敌人进攻沈阳，他驱马前往救援，胆量是何等壮大;等看到官兵懦弱，就突然告老还乡去了，这样把皇上对他的大恩置于何处了呢廷弼功在存辽，些微的成绩虽有可称;但罪在辜负了皇上，根据君臣大义而论，他是无法逃脱罪责的。这就是罪浮于功!“明熹宗因为熊廷弼力保危城，仍打算以后起用他。
在天启元年不到一年的时间里，辽东重镇沈阳、辽东首府辽阳相继失陷，袁应泰畏罪自杀，辽河以东全部沦为后金所有。此时，朝廷里大臣们又想起了廷弼。给事中郭巩尽力诋毁他，并连及阁臣刘一燝。等到辽阳失守，河西军民全都奔逃而去，自塔山到闾阳方圆二百余里，荒无人烟，京城为之大为震惊。刘一燝说:“假使廷弼在辽，想来不会弄成这样。“御史江秉谦上书追叙熊廷弼以前防守辽地的功劳，并且把排挤有功之臣说成郭巩的罪过。明熹宗于是对过去弹劾熊廷弼的人加以治罪，冯三元、张修德、魏应嘉、郭巩各贬三级，除掉了姚宗文的官籍。御史刘廷宣论救，也被罢免。于是又下达诏书从家里起用熊廷弼，并且提拔王化贞为巡抚。
同年六月，熊廷弼入朝，首先请停止刚才言官的贬谪，明熹宗不同意。又提出分三方布置的策略:“广宁用马步兵在河上设立壁垒，凭山川形势打击敌人，牵制敌人的全部兵力;天津、登、莱各港口建置水军船队，乘虚打入敌人南方的驻地，动摇他们的军心，这样敌人势必有内顾之忧，辽阳就可以收复了。于是讨论在登、莱设立巡抚，像天津一样，由陶朗先充任;而山海关特设经略一人，管辖一方，统一事权。于是任用廷弼为兵部尚书，兼右副都御史，驻守山海关，经略辽东军务。廷弼借此请尚方宝剑，请调兵二十余万，以兵马、粮草、器械之类责成户、兵、工三部。请为监军道臣高出、胡嘉栋，督饷郎中傅国昭雪，恢复官职，让他们理事。建议启用辽人原赞画主事刘国缙为登莱招练副使，夔州同知佟卜年为登莱监军佥事，原临洮推官洪敷教为职方主事，军前赞画，用以收拢辽人的心。“明熹宗都予以批准。七月，熊廷弼启程时，明熹宗特地赐给他一身麒麟服，四枚彩币，设宴于郊外，派文武大臣为他陪酒、饯行，这是少有的礼遇。又派用五千名京营选锋护送他赴任。
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