先等领头逃跑，镇武、闾阳的兵力于是也被打败，刘渠、祁秉忠在沙岭战死，祖大寿逃往觉华岛去了。西平守将罗一贯待援不至，与参将黑云鹤也战死。熊廷弼当时已离开右屯，驻军闾阳。参议邢慎言劝他紧急救援广宁，却被佥事韩初命阻挠，于是熊廷弼撤退了回来。当时后金军在沙岭停下来不再向前来。
王化贞平常把孙得功看作心腹，而孙得功已偷偷地投降了后金，他想活捉王化贞作为自己的功劳，就诈称后金军已到城边。城中一时大乱，人各奔逃，参政高邦佐阻挡也挡不住。王化贞正关起门办理军书，毫无所知。参将江朝栋推门闯进来，王化贞大声训斥他。江朝栋大声喊道:“事情危险了，请你快走!“王化贞不知发生了什么事，朝栋就搀扶他出来骑马逃走，后边两个仆人徒步跟着，于是丢了广宁城，仓惶逃命。在大凌河遇上了熊廷弼，熊廷弼微笑着说:“六万军队就可以把敌人一举荡平，到头来怎么样呢“
王化贞感到惭愧，建议驻守宁远和前屯。熊廷弼说:“已经晚了。现在只有保护老百姓入关去!“于是把自己所领的五千人交由王化贞来殿后，把全部积蓄都放火烧了。正月二十六日熊廷弼和韩初命一起护送难民入得关来，王化贞、高出、胡嘉栋也先后入关，只有高邦佐自杀而死。孙得功率领广宁城的叛将把后金军迎入广宁时，王化贞逃跑已有两天时间。后金军追赶他们追了二百里，因路上没得粮食吃才回去。战败的消息传到朝廷，京城为之震惊。张鹤鸣害怕了，自请前往察看军队。
天启二年二月，朝廷逮捕了王化贞，罢了熊廷弼的官，让他听候查考。四月，刑部尚书王纪、左都御史邹元标、大理寺卿周应秋等报上判决书，熊廷弼、王化贞都判了死刑。后来快到行刑时，熊廷弼让汪文言用四万两金子贿赂内廷请缓期执行，后来却违背了四万金的许诺。
魏忠贤大为恼恨，发誓要尽快杀掉熊廷弼。等杨涟等被捕下狱，就诬蔑他曾受过熊廷弼的贿赂，以此加重熊廷弼的罪行。过后，巡捕抓到市民蒋应旸，说他和廷弼的儿子出入监狱内外，阴谋叵测。魏忠贤越发想尽早杀掉熊廷弼，他的党羽门克新、郭兴治、石三畏、卓迈等就迎合他的意思不断催促。恰好冯铨也曾对廷弼失望过，与顾秉谦等在讲筵上侍讲时，就拿出集市上刊印的《辽东传》向明熹宗诬陷廷弼说:“这是熊廷弼自己写的，是他想为自己开脱罪名。“
明熹宗恼了，于是在天启五年八月把廷弼杀了，将他的首级在北方的九处军镇辗转示众。后来，御史梁梦环说廷弼侵盗军费十七万两
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