权被推翻后，金熙宗于天眷三年(公元1140年)继封孔璠为衍圣公，其后有孔拯、孔摠、孔元措等袭封衍圣公，是为北宗。
后因蒙古族起兵南下，孔元措随金政权迁往汴京，曲阜孔庙则由其族兄孔元用主持祀事。蒙古族占领曲阜，先后以孔元用、孔之全父子为衍圣公。这样，宋金元三朝并起，各有一个衍圣公。元太宗五年(公元1233年)，蒙古骑兵攻下金汴都，金封衍圣公孔元措被元政权所得，仍封孔元措为衍圣公，而改封孔之全止充曲阜令。北宗孔元措无子，由其弟孔元綋的孙子孔浈为嗣。孔浈于元宪宗元年(公元1251年)袭封衍圣公。后来，元政权先前所封衍圣公曲阜令孔之全之子孔治率孔氏族人上书皇帝，言孔浈不修祖祀，且非孔氏之宗，而系孔元綋的儿子孔之固侧室所生，且生母早已改嫁驱口李氏，孔浈曾随李氏姓李，不可为孔氏宗。宪宗二年(公元1252年)皇帝下诏免去孔浈衍圣公封号。其后相当一个时期没有任命新的衍圣公。公元1279年，南宋灭亡后，宋所封衍圣公五十二世孙孔洙归元。元朝统一，元世祖忽必烈于至元十九年(公元1282年)访查孔子后裔宗子，曾召孔洙至京师，孔洙让位于曲阜宗子，忽必烈对孔洙大加赏识曰:“乃真圣人后也。“于是命孔洙为国子监祭洒、承务郎兼提举浙东学校事，赐护持林庙玺书，免去衍圣公封号。.
此时，南北宗的衍圣公均被免职，十余年后，元成宗元贞元年(公元1295年)因孔之全长子孔治权奉祀事三十余年而奉诏袭封衍圣公。结束了长达一百多年的双宗并立。元仁宗延佑二年(公元1315年)，孔氏族人又上书皇帝，说孔治之子孔思诚是庶支。仁宗皇帝派大臣元明善调查，并亲取孔氏族谱查考，确定宗子继承人应该是孔思晦。孔思晦和孔思诚均为四十五代孔宗愿三子孔若愚的七世孙，孔思晦是四十九代孙孔拂长子孔元孝的嫡长孙，孔思诚是孔拂次子孔元用的嫡长孙，因此，元仁宗于延佑三年(公元1316年)罢黜孔思诚而以孔思晦袭封衍圣公，并授阶为中议大夫，列正四品。从此，衍圣公之位在此一脉中延续。
清顺治元年(公元1644年)，清世祖承认衍圣公在明代享受的全部特权，六十四代衍圣公孔衍植仍任衍圣公加太子太傅。@精华\/书阁*首发更新~~朝见时衍圣公仍列内阁大臣之上。
衍圣公与朝廷的密切关系，到乾隆时期达到巅峰，乾隆帝曾多次来曲阜，并颁御书“与天地参“、“时中立极“、“化成悠久“等匾额，重建棂星门，易木为石。对于乾隆
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