学启作难，起初是不听管教，以后则是公然反抗，并予侮辱。齐学启则晓以大义，耐心地开导他们，不要轻信别人的谣言，对侮辱性的行为则一忍再忍，并将劳动得来的工钱分与蔡宗夫等人。然而，蔡宗夫等人不但不听齐学启的善言开导，反而更加变本加厉，唆使其他中国战俘共同反对齐学启。
1945年四4月，日寇在缅甸北部节节败退，日本侵略者的统治开始动摇，蔡宗夫一伙知道盟军即将解放缅甸全境，害怕其一伙过去的所作所为难逃法网。于是，又共同策划了谋杀齐学启的阴谋，开始他们企图用毒药暗害齐学启，被察觉而未成功。之后，又起歹念，改为行刺，5月9日夜，在蔡的帮助下，章吉祥乘齐学启上厕所的机会，手执尖刀，猛力将刀刺入齐学启的腹部，齐应声倒地。
齐学启被刺后，同监的英国军医上校主动向集中营方面请求，希望能给齐施行手术来挽救他的生命，但被日寇所拒绝，齐学启的伤势不断恶化。整个集中营的战俘们，都为齐学启的被刺而感到悲痛，又无法给他治疗，只得每日晨起晚跪地为齐学启的生命祈祷。5月13日晚10时30分，齐学启将军饮恨辞世。齐将军去世后，全监的各国战俘都流着热泪为崛告，并索取他的遗物留作纪念。
抗战胜利后，国民党政府颁令褒扬他英勇不屈的事迹，并追赠为陆军中将。齐学启将军的忠骸由云南沾益空运长沙，公葬于岳麓山，而谋杀齐将军的凶犯也受到了严厉的惩处。冯玉祥将军曾在诗中称赞齐将军“……师长齐学启，宁死不屈世惊叹。……壮烈足称中华魂，光辉史册万万年。”