攻大乱而失败。宋晟战死。朱权率少数人逃入要塞寿阳，不久寿阳也被大炮攻陷。朱权化妆潜逃回自己的封地九江。淮南门户洞开。
邓舍知耿炳文善于防守，因此绕过彭城向南猛进，直逼吴都应天府。建文帝束手无策，道：“使蓝大舍尚在，何至于今日矣。”但邓舍考虑到南方还有数万精锐亲军，不易消灭。何况北元力量并未完全被消灭，因此提出两家结亲，南朝岁币的解决方案。建文帝在方孝孺、黄子澄等人怂恿下不肯同意。邓舍大怒，遂派骑兵四散抄掠地方，掠夺人口，以破坏南方经济。
建文帝见邓舍大军散去，又心生希望。
建文三年二月，他拜魏国公徐辉祖为中军将军，率部一万连同败回南通州的盛庸等万余人，前往袭击邓舍。寄希望于斩首行动。结果再次遭到挫败，明威武第一军都指挥使郭义等击败之。邓舍乘机进军瓜布，焚掠而去。徐辉祖等引败兵入扬州固守。
三月，邓舍围攻扬州，参政铁铉与辉祖、盛庸等坚决固守。邓舍久攻未克，叹曰：“南亦未足平。”乃引去。
途中，破徐州城，耿炳文等投降。
这次北伐后，南方元气大伤。多年经营的军队和多年积蓄的财富都消耗一空。而重要的淮上门户——寿阳和徐州亦被北方所取得。
更为可怕的是，这一战暴露了建文帝及其政权的幼稚和无能，又使其实力遭到严重损失。这使位居武昌，操控上游的楚王朱棣的个人野心开始急剧膨胀。