此次军制改革的的另一个目标，便是彻底根治明代营兵编制混乱，“一营人数从数千到上万不等”的长期积弊，实现军队在补给、调度、战力等各方面的标准化与精准化。
就从三大营来讲，每个的名字听起来那都是如雷贯耳，结果呢？整个京营最后连三万能打的都挑不出来。
就连朱由校刚看到京营的编制的时候，他脑瓜子都是嗡嗡的，更不要提那些个大头兵，只认识自己的小旗、或者总旗，出了门连直属将领都认不清楚，一旦战事失利，自然兵败如山倒，溃散难收。
不止如此，随着系统炼钢厂的产量飙升，他还参考后世的经验，准备为每个士兵配发身份铭牌，军官的铭牌则依等级区分形状、制式，并刻录编号。
这样既便于统计战功、收殓遗体，也可以明确在不同部队混合作战时的指挥权归属。有助于朝廷核实员额，从根本上杜绝吃空饷的腐败的痼疾，提升在复杂战场环境下的指挥效率与应变能力。
同时，现有军事单位的指挥体系也颇为杂乱，诸如卫所军的“军、都司、千户、百户、总旗、小旗”与京营、边军体系中的“千总、把总”等称谓并存，体系交错，权责不清。必须借此改革之机，予以统一规范。
他心中已有一套完整的整编方案：将天枢军、天策军、天武军、天威军授予禁卫军的正式番号，经过上述扩充之后，分别为禁卫军第一军至第四军。
原京营的六万人，则由补充三万系统兵员，进行混编改组，形成第五军和第六军。原本直属皇帝的禁卫军六万人，亦照此模式扩充整编为第七军和第八军。
整编后，系统出身的士兵将在全新禁卫军中保持约六成的稳定比例，如此足以牢牢掌握部队、彻底贯彻他的意志。
在编制体系上，将进行彻底革新，禁卫军，与各都督府下属战兵统一划分为军、师、营、连、队、伍这清晰的六级结构。
禁卫军的一个军，定额五万余人，下辖三个齐装满员的师；
而一个标准师，定员一万五千人，下辖一个师直属营、五个帝国燧发火枪营、一个刀盾掷弹兵营、两个胸甲骑兵营、帝国陆军炮兵营；
一个营定员一千两百人，下辖五个队；
随着他的整顿军队编制的想法逐渐清晰，系统的界面上立刻出来了相应的反馈：
【叮！】
【检测到宿主需求，新增优化编制方案】
【大明帝国禁军建制】
【人数：45
…。。