他的母亲也许是朱元璋的一位贡妃，据说她母亲可能是蒙古人，或者是朝鲜人。
他不像他自己后来所说的那样为马皇后所生；他的这种说法是想在他从他侄子手中夺取了帝位以后按照嫡长子继承原则使他的即位合法化。
他长得坚强有力，自是也精通武艺，而且据说在学习儒家经典和文学方面也很是出色。
他的文学功底在正史中有所表述，因为这种成就符合一个儒家君主的公开的形象。（1370）年5月朱元璋把他封为燕王，定他的封地在北平（今北京），让他坐镇北方边境，以保国内的安危和抵御蒙古人的入侵。
朱棣被册封为燕王时只有10岁，直到他成年以后才于（1380）年4月去北平就国。他在宫廷已接受过优秀学者和佛教最好的通才教育。
在明王朝头等将领们的辅导之下，也已经开始表现出军事领导才能；特别是老将徐达，对他的教导更为有效，（1376）年他在皇帝的意旨下更是娶了徐达的长女。
长子朱标、次子秦王朱樉、三子晋王先后去世，在往后的数十年中燕王守卫他的藩封时，经常指挥对蒙古人的战斗，在老将们的辅佐之下很会打仗，成为诸王之首。
他的功绩赢得了朱元璋的赞许，但也引起了后者的烦恼，因为他越来越变得心志不凡、目中无人和闹独立性。当（1392）年朱元璋册封他长兄的儿子朱允炆而不是立他为皇嗣的时候，燕王大为失望。
建文帝实施削藩打压，朱棣亦是坐卧不安，经过其麾下各将领的劝说，这才促使了朱棣的野心，其中说服燕王谋反最强烈的便是一位法号道衍的和尚，名为姚广孝，后来也成为朱棣行军中举足轻重的谋士。
（1399）年8月，燕王朱棣誓师抗命，下谕将士，打着“清君侧”旗号起兵“靖难”史称“靖难之役”。
朱棣以计擒杀张昺、谢贵（以装疯麻痹二人），并命燕府护卫指挥张玉、朱能率兵乘夜攻夺北平九门，遂据北平。
后以尊祖训、诛“奸臣”齐泰、黄子澄，为国“靖难”为名，誓师出征。至此朝廷和燕王之间开始了一场持续三年多的军事较量。
战事之初，因北方诸将多朱棣旧部，降朱棣从战者甚多。朱棣军先后下通州、蓟州、怀柔等城，宋忠等战死。
八月，朱允炆以太祖旧将耿炳文为大将军，率师三十万（亦说只有十三万）北伐朱棣。先锋抵雄县，为朱棣所袭，九千人全部战死。复战于真定（今河北正定），又大败。
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