长子朱文奎的尸体，谁也不能肯定他是否真的被烧死了；后来对他的帝业抱同情心的历史学家们都说他乔装成和尚逃离南京。
当时官方的记载当然只能说皇帝及其长子已死于难中；否则，燕王就不可能名正言顺地称帝了。
朱允炆最后的真正命运仍然是一个谜，成为一件悬案。每个以军事力量推翻上一代皇帝下位的皇帝在建朝初期都会用一些残忍的手段来打压民众，企图用残暴那封住流言蜚语，而朱棣在这一点发挥的淋漓尽致。
朱棣登位后，将忠于建文的诸臣剥皮的剥皮，下油锅的下油锅，把他们的女眷罚到教坊司当官妓，实行残酷的“转营”，即轮流送到军营中去，一个女子每一日一夜要受二十余男子的*，情况还要经常报告朱棣，有被摧残至死的，朱棣就下圣谕将尸体喂狗吃了，而后来更有“活剐三千宫女”的传言，残暴可见一斑。
朱棣攻下南京后，在拒绝了他的支持者们反复几天的劝进之后，于（1402）年7月17日即皇帝位，但不是继承朱允炆的帝位，而是继承明太祖朱元璋的帝位（废除建文年号，建文四年改称洪武三十五年）。
下令大力搜索齐泰、黄子澄等建文朝臣五十余人，朱棣还令尽复建文帝所改的一切太祖皇帝制定的成法和官制，以表明其起兵目的在于恢复祖训。
朱棣十分重视经营北方，加之自己兴起于北平，永乐七年（1409）年，明成祖开始了营建北京天寿山长陵，以示立足北方的决心。
与此同时，争取与蒙古族建立友好关系。鞑靼、瓦剌各部先后接受明政府封号。
永乐八年（1410）年至年（1424年），这二十二年期间朱棣亲自率兵五次北征，巩固了北部边防。永乐四年（1406）年开工修建北京宫殿也就是紫禁城，耗时十四年竣工，永乐十九年（1421年）正式迁都北京。
朱棣建国之初虽残暴无比，但之后执掌朝政，却表现的异常英明，他完善了文官制度，在朝廷中逐渐形成了后来内阁制度的雏形。
永乐初开始设置内阁，选资历较浅的官僚入阁参与机务，解决了废罢中书省后行政机构的空缺。
朱棣重视监察机构的作用，设立分遣御史巡按天下的制度，鼓励官吏互相讦告。
他善利用宦官出使、专征、监军、分镇、刺臣民隐事。同时，提出“为治之道在宽猛适中” 的原则。
他利用科举制及编修书籍等笼络地主、士人，宣扬儒家思想以改变明初过事佛、道教之
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