行先前的制度，内阁不领部堂之事，对于这个制度，大家也没人反对，除非是那种对权利很热切的人，对于掌不掌部堂之事，是无所谓的，在内阁专司朝政，本就已经是责任重大了。
而六部则也是进行了重大调整，由沈犹龙出任部工部尚书兼任应天府尹，袁工部尚书张国维已经殉国了，加以追恩，曾樱依旧出任户部尚书，吴甘来出任吏部尚书，陈子壮仍为刑部尚书，黄道周出任礼部尚书，姜曰广出任兵部尚书。
原大理寺卿施邦曜在清军入城之际自杀殉国，大理寺卿一职由吕大器接任，原光禄寺卿许誉卿出任都察院左都御使，起用老臣熊明遇出任右都御使，吴钟峦出掌翰林院，起用各地一批有才名的人入仕为官，如夏允彝为扬州知府，陈邦彦为常州知府，黄毓祺、黄淳耀为御史，方以智为翰林院博士，用以稳定人心。
同时奏请分湖广为湖南、湖北二省，以长江为界，由左懋第出任湖北巡抚，刘熙祚出任湖南巡抚，方孔炤出任江西巡抚，樊一蘅出任河南巡抚，李若星为广西巡抚，苏观生为浙江巡抚，张秉贞出任四川巡抚，张肯堂出任福建巡抚，沈廷扬为两广总督，原两广总督张同敞调任京城，出任京营提督，统京中守备兵马，刘孔昭为南京水师提督，徐世荫为长江中督，李乾德出任长江左督，毕拱辰仍出任右督，朱聿键出掌宫廷御林禁卫军，田仰为五城兵马司指挥使。
曹变蛟任命袁枢为江北总督，节制两淮兵马，防备清军南犯。因北方失陷，暂撤漕运总督一职，长江水运，由长江三督负责，左督制四川、两湖，中督制江西、南直隶，右督制苏浙，海运之事，右海师提督陈子龙节制，以翁之琪为淮河水师提督，操练水军，驻守淮安。以秦良玉为四川总兵官，恩赐一品诰命，曹文耀为湖南总兵官，郑芝龙为福建总兵官，孙希贵为广西总兵官，曾英为贵州总兵官……
全面废除卫所军制度，所存卫所军，全部回归民籍，分拨田亩安置，改为募兵制和义务兵制，于国中各重要城镇设，如扬州、松江、徽州、承天、长沙、贵阳、梧州、广州等地，小镇置守备、中镇置都司、大镇置总镇驻防，守备兵马由各地青壮义务戍守，反年满十八、不过五十者，无有官爵在身者，尽皆需要服从兵役，全国实行本土轮守制度，小镇守备治民兵三百，中镇都司治民兵七百，归各省巡抚节制，大镇置总兵治常备军五千到一万，归大将军府节制，民兵两月一轮戍，常备军一年一调动，于南明全国境内设置小镇三十，中镇十一，大镇二十七，凡免服兵役者，可缴纳代役银每年一百两
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