身有功名者减半。
废除锦衣卫，东厂等官署，编为御林军，调整京师守备，御林军五千拱卫皇城禁卫，五城兵马司统内城巡防营人马三千，外城门由京门提督统帅五千人守卫，城内驻扎京营守备军两万，城外驻扎两万，为整个南京防务体系，归大将军府负责安排，兵部监管督查。
于南京、庐州、南昌、衡州、桂林正式建造国有兵工厂，专司军械生产；收归天下盐引，一律由户部发放，实行官督商卖制度；废王田、建农场、办实业；开放松江、宁波、温州、福州、泉州、漳州、潮州、惠州、广州为通商口岸，加强与外国商业贸易、文化交流等方面的联系；推行新税制度，农户缴纳粮食为赋，桑农缴纳绢布为赋，工商业者缴纳银钱为税，除本籍赋税、人头税之外，不再征收其他苛捐杂税；改善官员低薪制度，官员俸禄发放银、绢帛、粮米三种，正一品，年俸五百石、绢帛三十匹、白银一千两；从一品，年俸四百八十石、绢帛三十五匹、白银一千两，正二品，年俸四百六十石，绢帛三十五匹，白银九百两……正九品，年俸一百五十石，绢帛五匹，白银三百五十两；从九品，年俸一百石，布帛五匹，白银三百两；另外每年补贴笔墨、官服、官靴等消耗，每人十两……