不能满足需要，只能调集几十艘武装商船进驻澎湖列岛。
这些武装商船排水量多数在300—600吨之间，船两侧均安装几门大型舰载炮，加上普通的红夷大炮，尼德兰的舰载炮总量已经是进攻澳门时的两倍。
7月份尼德兰人到了澎湖，开始经营他们的贸易基地。福建明朝当局不允许贸易，雷也山在10月中旬便派出8艘舰队进攻厦门，结果被岸上炮台的大炮打的仓皇逃窜。
港口的战舰和武装商船纷纷开炮还击，还出动许多小型火船追击焚烧了一艘尼德兰战舰。尼德兰战舰逃得快，只死了几十人，主要是被明军炮台的大炮打中甲板所致。
那艘着火的战舰水手和兵士放下快船逃生了，仓促间掉到海里淹死几个，快船被炮弹激起的海浪打翻几艘，有几个兵士旱鸭子淹死了。
但是停靠在港口的许多商船被尼德兰的大炮打碎、打沉，虽然死人不多，可财产损失不小。
此时在王宏宇的倡导下福建已经做好了战争准备，大型战舰还没建好，中型战舰、百吨以内的小型战舰已经汇聚不少。