设立了帝国圣京学校、中华帝国军医学校，中华帝国第一师范学校，中华帝国国学学院、中华帝国矿业学校、中华帝国交通学校、中华帝国建筑学校等众多高级学堂。南京（现广州）设立了中华帝国海洋学校、中华帝国商贸学校、中华帝国纺织学校、中华帝国第二师范学校，在东京（现上海）设立中华帝国铁道学校，在福州设立了中华帝国海军军官学校。
这样，将满清遗留的所有以前的孔庙、学宫，一律由地方官府改造为不同等级的学堂。
冯云山又让教育部颁布了初级、中级、高级学堂等各类学校的教育宗旨、人学资格、年龄、课程和年限都作了明确规定。初级教育以留意儿童身心发育、培养国民道德之基础并授以生活所必需的知识技能为宗旨；教员虽暂时由以前的私塾先生代替，但必须在府以上官府取得许可状，不得对学生进行体罚。初级教育全部由帝国统一支付费用，为义务教育。
而中级学堂的教育，主要以完善普通教育、造成健全国民为宗旨，兼以教授农工商业必需的知识技能为目的职业技能；以府、省立为原则，经费由省府拨款支付。
高等学堂以教授高深学术、养成硕学阂才、应国家需要为宗旨；分为军事、国学、理、法、商、医、农、工8科。
所有高等学堂，以教育部直属和帝国直接建立为原则，经费全部由帝国内阁直接拨款。