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除了铁路方面，中华帝国另外在疏浚内河航道、修建官道马路等方面也取得了重大的成就。
尤其是南方地区，河网密布纵横交错，航运一直发达。只是有些河道过于狭窄，无法通过大型航船，因此，朝廷这些年通过不断的加固地堤岸，疏浚河道港湾，浇筑码头，改善航道运输，航运交通持续发展。
从南至北，珠江以及上游的西江、北江航运水系，闽江和瓯江、甬江组成的沿海以及内河联合航运水系，再到整个帝国最为繁忙的长江主航道以及各支干流、洞庭湖、鄱阳湖、太湖等组合成的长江及江南水乡航运体系，淮河和黄河的中原腹地航运水系，以及最北方的黑龙江流域组成的航运水系，这些年都蓬勃发展。而这些，特别是京杭大运河以，将南至浙江的甬江，中间串联长江水系和淮河水系、黄河水系，北至海河水系，将从宁波至北京通州这两地之间的水运航道联系在一起。
由于这些内河航运事业的发展，使得中华帝国最为繁荣的珠江流域、江南地区和中原腹地的经济也飞速发展，促使整个国家的大宗货物流通更加的频繁方便，成本更低。
根据交通部的统计，截止到今年上半年为止，整个中华帝国注册的水运公司有3740家。除了官府和南洋公司、东洋公司等这样的官办设立的水运公司之外，绝大部分都是民间私人资本成立的水运公司。全国共有50吨以上客船、货船（商船）一共8932艘，合计总吨位达到72万吨左右。