所发挥的作用却未必是正面的。
为此辽口军学的不少教官联名上书，要求枢密趁机整肃，将齐鲁军团的残余力量进行分流整顿，将符合要求的人选入正规军营重新训练，不符合要求的直接解甲归田。杨应麒对此表示赞赏，回复批文让他们拿出一个确切的方案再呈上来，再呈上来的方案必须解决以下问题：
从义军中选拔士兵，选拔标准为何？数量多少？选出来后如何训练？训练场地该设在何处？训练人手该从何处抽调？训练经费需要多少？不符合标准的义军该如何安置？在何处安置？应该给与什么样的条件进行安置？不同地区、不同级别的兵将该如何区别对待？如果士兵不愿意解甲又该如何解决？在眼前的情况下展开这个计划，对正在进行的整个战局所产生的影响是好是坏？等等。
杨应麒这番回复，一连提出了五十多个问题，问得详尽而具体，这一轮问下来，把大多数开口讲空话放厥词的人都问得闭上了嘴，但仍有一小批有毅力有想法的人或坐下来思考，或亲自前往山东、河北、河南等战乱频仍的地方考察，和各路义军一一接触。这些人里没一个拥有“名将”之类的头衔，都是一些中下层的将官，其中也没有一个拥有“天才”的名声，但这些人肯熬肯干，做事又能脚踏实地，这一场调查持续了足足五个月才完成，又经过一个月的反复琢磨，才递上了一份详尽的报告。递上报告的这批军官不但有实战经验，而且经历过辽口军学的教育，部分更是毕业于管宁学舍、属于投笔从戎的年轻人，所以这次调查结束后不但让他们完成了这份如何处理义军的报告，也让他们完成了向职业参谋转变的历程。
杨应麒看了十分满意，特辟他们为枢密直属第一参谋团，全面负责这件大事，又给了他们相当大的资源，包括名分（经折彦冲同意后给了他们一个番号——“威远新军”）、地方（开辟出密州南部濒山临海的半个县作为他们的军事基地）、技术（将辽南的部分火器研发和船厂移到此处）以及资金（淮子口两成的关税）。
枢密直属第一参谋团的首席叫陶宗宪，次席叫于会春，三席叫朱谨民，全是默默无闻的年轻人，却都因为这件事情声名大噪，威望实权一时俱重，并因此带动了辽口军学重实尚理的风气。不久汉部中枢又成立海军参谋团和西北参谋团，分别研究如何将西北、东海兵将正规化的问题。
辽口军学这帮人既是学者又是军人，因此自然偏重军事。和他们不同，塘沽政学的儒生则将这次战败的原因归结为政治问题。在他们看来，这次齐鲁军
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