清廷设河道总督和各一名，作为负责漕粮运输和河道治理的最高行政长官，正式将和河道总督纳入官制，二者官秩均为正二品，兼兵部尚书或都察院右都御史衔者为从一品，与其他八大地方总督地位平等。
以下之设官有巡漕御使、督粮道、管粮同知等，所辖军队称“漕标”。河道总督所属机构，乾隆以后定为道、厅、汛三级，分段管理。属官有河库道、河道、管河同知、通判等，所辖军队称为“河标”。但和河道总督衙门内均不设属官，只设书吏二十人，办理衙门内一应文牍事宜。
清代衙门仍驻淮安，管辖山东、河南、江苏、安徽、江西、浙江、湖北、湖南八省漕政，具体负责漕运、检选运弁、漕船修造、查验回空、督催漕欠等事务。从漕粮收缴、起运，到漕船北上过淮、抵达通州，漕督都要亲自稽核督查，运输过程中出现的重要情况均需随时向皇帝报告。康熙二十一年（1682年）规定，粮船过淮后，总漕应随船北上，率所属员弁视察运道情况，调度全漕。粮船过津后，总漕即入京觐见述职，而后回淮办理下年之征收起运诸事。
－废止
－－资料由于涉及运河的分段治理，清代河道总督的设职情况要比复杂得多。顺治元年只设河道总督一人，掌管黄河、京杭大运河及永定河堤防、疏浚等事，治所在山东济宁。随着江南河工兴举日多、修守事务渐趋繁巨,康熙十六年（1677年），河道总督衙门不得不由济宁迁至江苏清江浦（淮安市）。这样一来，河南武陟、中牟一带堤工若有险情，驻扎淮安的河道总督往往鞭长莫及，清廷便于雍正二年（1724年）设立副总河一职，驻河南武陟，负责河南河务。
雍正七年（1729年）改总河为总督江南河道提督军务（简称江南河道总督或南河总督），副总河为总督河南、山东河道提督军务（简称河东河道总督或东河总督），分别管理南北两大河段河道事务。遇有两处共涉之事，两位河督协商处置。雍正八年（1730年），清廷又设直隶河道水利总督，管辖海河水系各河及运河防治事务。至此，清代河道总督一分为三，而就河工任务及对漕运的影响来看，三总河中地位最关紧要的是南河总督。乾隆十四年（1749年），直隶河务渐趋正轨，北河总督一职遂被裁撤，其职能由直隶总督兼任。
有清一代，黄河夺淮已有四五百年的历史，泥沙淤积导致的河患频发，使运河治理面临死结性难题，特别是南河黄淮运交汇处的清口一带，河工任务特别艰巨。这一局面使与河道总督的社会角
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