色发生了一些微妙变化。一是清廷对河道总督的重视远胜明代，总河地位渐渐凌驾于总漕之上。明代总漕常常代理河务，总河一职时设时废，清代总河一职从未空而不设，而且总河代理总漕事务者很多，总漕兼理河务的现象却很少。二是总河面临的仕途危险性比总漕大得多。面对当时情况下难以根治的河患，河道总督（特别是南河总督）往往如履薄冰，突发的河患常常会给他们带来丢官获罪的仕宦结局。
与河道总督虽事有专责，但共同目标都是为了保障漕运畅通，因此，双方必须做到分工不分家。但是，与河道总督毕竟是两个独立的行政系统，双方具体任务有别，所关注的重点各异，而且面对的是同一条运河，在很多地方很多事务中往往会遇到权利重叠，产生利益冲突。因此，总漕与总河之间往往会矛盾重重，有时甚至闹得不可开交，以至朝廷不得不加以干预。像康熙年间的河督靳辅和漕督慕天颜，均为康熙所倚重的漕河干将，但二人分别站在河、漕二督的立场上相互攻讦，结果均被削官。
随着黄河于咸丰五年（1855年）北移至山东境内夺大清河入海，京杭运河航道受阻，内河漕运意义不大，和河道总督也失去了存在的意义。江南河道总督在黄河改道后第三年（1858年）即被裁撤，东河总督和也分别于光绪二十八年（1902年）和光绪三十一年（1905年）被裁撤。
－官衔
在清代为一、二品大员。帽饰红宝石（二品为珊瑚），蟒袍为九蟒五爪（二品同），仙鹤补服（二品为锦鸡）。
收入并不高，岁俸银仅180两（二品155两）。年养廉银为15000两至30000两左右（二品20000两以下）。