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第二部中史密斯留下的后手起了作用，他通过入侵觉醒者来到了现实世界，并且出其不意偷袭了主角。
虽然尼奥最后灭掉了史密斯这个分身，但自己的眼睛也瞎了。
被一根拳头粗的电线把眼珠给烧焦了。
不过，尼奥虽然看不清具象化的事物，但是能看清楚电子数据化的事物。
在他的视野里，一切的电子机械的脉络都发着光芒，清晰无比地呈现着。
这时候，那些曾经猜测现实世界也只是矩阵一部分的观众都捏紧了拳头。
“尼奥没了双眼也能看到机械的脉络，这尼玛？”
“难道，尼奥依然还活在梦中吗？”
“上帝啊，太不可思议了。”
“双眼失明，丝毫不影响我追捕敌人，因为我能闻到他们身上的臭味。尼奥这算什么，能看到机械的脉络？”
.......
之后，机器人大军终于来到锡安，和人类大军展开了战斗。
不过，几十万的哨兵啊，人类能战斗的战士都没这么多。
所以，即便特效再好，战斗再激烈，观众们的心思也没放在这儿。
因为这是机器人早就谋划好的第六次毁灭啊，因为这是一场压倒性的战斗，人类压根儿就打不过啊。
观众们的心思，全都系在了尼奥的身上。无论好或坏，现在只有他才能拯救世界了。
镜头一转，来到了尼奥的身上。
此时的他决定回到机器世界的源头，同机器人做一个交易。
因为史密斯的崛起，不仅威胁到了矩阵，也威胁到了现实世界的机器人。但是，除了尼奥之外，没有人能够解决他。
到了现在，尼奥终于明白了自己的使命是什么了.......
一番艰辛的旅途之后，飞船终于抵达了机械城。不过降落时出现了意外，一同而来的安妮付出了生命的代价。
女主，死了。
这一刻，华夏许多观众都在心里吐槽韩秋。
奶奶的，还真是韩半仙的风格啊，不是死男主，就是死女主。
就像V获得了胜利，但也为此失去了生命。
似乎，在韩半仙的电影里，赢得胜利的代价总是特别的大。
之后，尼奥见到了机器人的主宰，并向他提出了自己的要求。
“史密斯这个程序已经不受你的控制，他很快就会占领这座城市，就
…。。