朱平槿前世的哲学，最重要的论述便是抓主要矛盾。对于朱平槿这样的领导来说，就是不能所有问题一把抓，而要抓住事关全局的核心要害。朱平槿解决了枪杆子由谁掌握的问题，军改的其他难题便迎刃而解。
廖大亨在他的奏疏中，简明扼要地列出了军事改革的主要内容：
设立保成都、重庆、保宁、泸州四个旅级军区，分别指挥川西、川东、川北和川南四个方向的作战。四川都司罗大爵、川北副将刘镇藩、署泸州判官贺有义，加上已经任命的宋振宗，分任川西、川北、川南和川东四个军区的司令。
四川都司所辖十二卫十一所已经完全倾废，一律革除。边卫实土卫实行文武分治，设立州县和守备团、营。卫所军官，将根据上级需求和本人自愿进行双向选择，或改为文官，或改入护国军。病老身残才疏无法胜任者，准致仕以子孙袭替。
那些被淘汰的卫所军官中有世职的，作为对他们祖先功绩的补偿，四川官府将根据世职高低，设立一个特殊的投资基金。他们的子孙，可以在这个基金里不干事只拿钱整整一百年。
没有世职的下级军官和士兵，汏劣存优补入护国军，享受护国军的军饷待遇。淘汰的，一律除籍为民。
卫所武官包括营兵将领，将领家丁，愿入护国军者，参照朝廷“在营家丁”例，准许加入护国军，与护国军相同待遇。
卫所城池，部分改为州城、县城，部分留作军事要塞；军田房舍土地，除留作军用的以外，一律移交地方官府作为官产官田。
各地自建的团练兵，在护国军守备团、营成立后，准以自愿的原则加入护国军，其余一同裁撤。
四川行都司的五卫八所和各土司的军队，关系到边陲稳定，暂时不动。
为了加快军改节奏，妥善安置淘汰下来的官兵，廖大亨特别建议成立一个专门的机构，名叫“军改善后衙门”，由马乾负责，专门负责官军改编善后事宜，并负责军地联动协调。
……
官军的主力——营兵，当然是这次军事整编的重头戏。
川北大胜，参战将领们的功照请，官照升。但他们的部队，依旧纳入整编范畴。刘镇藩、丁显爵、张奏凯、涂龙四员副将凭战功升正旅。
刘镇藩部人数最多，改编为护国军第十一团团部和四个步兵营、一个骑兵营；
丁显爵部改编为护国军第十二团团部和两个营；
张奏凯率部取得渔溪大捷，升任保宁军区副
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