个重要的军事改革内容，一是废除“以文御武”，实行“集体领导”；二是废除兵民区别，实行“全民皆兵”。
这分明是石破天惊的味道！
大明按照“以文御武”的体制，逐渐形成了兵部——总督——巡抚（兵备副使）——兵备道——地方府、州、县等一整套的文官军事指挥体系。
四川总督一般由秦楚总督兼领，四川主兵、客兵的实际领兵权都在四川巡抚手中。
四川巡抚之下，有四川兵备副使为贰。
四川兵备副使之下，有安绵、重庆、夔州、叙马、建昌、威茂、松潘、分巡上南道共计八个兵备佥事，又称兵备道。
兵备道之下，则是各府州县的亲民官。虽然亲民官对地方驻军没有法律上的指挥权，但是在“以文御武”的体制下，对那些“粗鄙无文、不知忠义”的厮杀汉，文官毫无疑问具有绝对的领导地位。
蜀世子朱平槿横空出世后，四川巡抚廖大亨从勾结到投靠。四川兵备副使陈士奇拉稀跑肚子廋死狱中，尸身臭不可闻。听话的川东兵备马乾升署四川兵备副使。
八个兵备道，刘士斗署了建昌兵备，松潘道黄谏卿死在泸州城，上南道胡恒几颗官印一齐揣了，安绵兵备病死于剑州，叙马兵备早已告老还乡。最惨的是威茂兵备，他深度卷入了陈士奇案件，被廖大亨下令拿了，命若游丝。
鉴于营兵卫所编入护国军，于是廖大亨趁机建议逐步废除兵备副使、兵备道领兵的制度，撤销兵备、清军等文官领兵监军的衙门，继续依靠三总部指挥护国军，并参照蜀王府制度，在各地官府与当地驻军之间建立军政委员会，作为联系文武和集体决策的机构；在护国军连以上单位，建立监军制度，作为对军事主官的监督分权。
这实际上便彻底废除了“以文御武”的体制，并以蜀王府控制下的集体领导体制取而代之。
在集体领导体制下，文人与文官、武人与武职彻底分开。个人入仕道路的不同，只是授官的参考而已，不是终身的身份。文武官员平起平坐，仅有职责分工不同。文人也可以领兵，但前提是他必须有蜀王府赋予的军事指挥权。没有这种权力，文官无权插手军队的事情。武人也可以插手地方，前提是必须有上级认可的集体决议。这样一来，文武便进行了深度的整合。在集体领导的大框架内，既制衡又合作。
废除“以文御武”，廖大亨自己的领兵权也被废了。不甘自废武功廖大亨具有的丰富官场经验，立即提出了一个替代的方案，既可以使
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