分自然科学书籍，希望能用魔鬼的著作去引诱这些东方异教徒产生对于主的信仰。
另外，教廷还从敌对的荷兰书商那里购置了大批的书籍，以装点教宗馈赠的规模数量。
毕竟在15世纪中叶，德意志美因兹的工匠古登堡发明金属活板印刷术后，德意志地区便成为了欧洲印刷业最为发达的地区。奥格斯堡更是德意志地区的印刷中心，那里每年印刷的书籍种类几乎达到了欧洲每年出版的三分之一以上。
但很不幸的是，这个地区正好属于新教联盟。因此当教廷的修士偷偷的向荷兰书商采购书籍的时候，提供书籍的奥格斯堡印刷工匠，往书籍中混入了大量的攻击天主教的书籍，甚至包括了德国牧师所写的，著名的《九十五条论纲》。
负责组织书籍的教廷修士的侥幸心理，使得金尼阁所带来的书籍，不但有着颂扬天主教的典籍，宣传欧洲文化和自然科学的书籍，还包括了对于天主教黑暗历史的批判书籍。
耶稣会修士在东方的人数本就不足，加上还要分心于传教事业，因此对于这些书籍并没有进行全面的整理。
只有当这些书籍运到京城，在中国皇帝的命令下，扩大同文馆，专门整理和翻译这批书籍时，他们才发现了自己携带而来的书籍中，居然有新教人士所写的反天主教书籍。
已经把书籍缴纳出去的耶稣会修士们，对这个局面也只能装傻了，毕竟他们现在可拿不回这些书籍，一旦闹将起来，反而会给天主教在东方的传教事业带来危害。
而对于翻译这些书籍的同文馆学者，科学院的院士们来说，倒是在思想上接受了一次洗礼，从而对天主教有了更为深刻的认识。
虽然他们还是认为，西学可以用来借鉴改革大明的弊端，但是却不再如之前一般，对天主教的信仰毫无防备的全盘接受了。