任命陶臻为参军，加封陶侃奋威将军，假赤幢曲盖轺车、鼓吹。陶侃迫于压力，乃与华轶断绝来往，陶侃阵前倒戈，让华轶元气大伤，夏口一失，江州门户大开。
当时洛阳经常受汉赵（匈奴人刘渊建立）的军马侵扰，民变四起，华轶仍有匡扶天下的志向，派人上贡到洛阳时，仍不失臣节。华轶更向使者说即使洛阳的道路断绝，也不该改上贡送给琅邪王司马睿，以表明他是忠于司马氏中央政权的。
华轶自以受洛阳朝廷所任命，而晋怀帝尚在洛阳，不肯接受司马睿的命令，属下大多都劝谏华轶退一步，与司马睿合作，华轶坚持己见，没有采纳部下的意见。
永嘉五年（311年），永嘉之乱发生，匈奴贵族刘渊带兵攻陷了洛阳，掳走了晋怀帝北归。司空荀藩推举司马睿为盟主，于是司马睿承制改易长吏，但华轶不服从。
司马睿找到了出兵的借口，派左将军王敦率领甘卓、周访、宋典、赵诱等人讨伐华轶。华轶派别驾陈雄驻屯彭泽抵抗，自己则领水军作为外援。
扬烈将军周访奉司马睿之命率兵驻屯彭泽，以防备华轶的扩张。周访欣赏华轶忧心天下的热诚，不愿挑起华轶与司马睿的嫌隙，改屯寻阳。
两军交战之后，武昌太守冯逸在湓口被周访击败。前江州刺史卫展没有受到华轶的重视，心中久有不满，决定与豫章太守周广作为司马睿内应，暗中派军袭击华轶。华轶兵败，逃到安城，周广追击并斩杀了华轶与他的五个儿子。
陶侃虽然没有出兵直接攻打华轶，但也算是立了大功，升为龙骧将军、武昌太守。陶侃关键时候背叛了华轶，并没有受到世人的职责，为了家族利益，与士族结盟以成为了一种风气，更何况陶侃这一次站队确实站对了！